Агентурный, игровой боевик нашего времени. Разведчик Майкл Тортон имеет секретную информацию, которая может подвергнуть страну к национальным катаклизмам. Кандидатуру Майкла правительство отклонило, но, не смотря отстранение от важной миссии, продолжает один предотвращать трагедию. Сюжет игры «Альфа Протокол» прост. В секретной операции главному герою даются сверх способности. Имеется система скиллов, достаются тем, у кого имеется успех в прохождении любого уровня, вводя комбо-удары из 2-3 выстрелов в голову. Сверх способности определённо сумели скрасить примитивные битвы благодаря геймерским знаниям и умениям. Лёгким движением руки под себя можно подстраивать здешнюю игровую систему.